我校自1979年開始招收培養(yǎng)研究生,，1981年被國務院學位委員會批準為全國首批碩士學位授權(quán)單位，1998年被國務院學位委員會批準為博士學位授權(quán)單位，并獲得普通外科學三級學科博士學位授權(quán),，2000年獲外科學二級學科博士學位授權(quán)，2000年開始臨床醫(yī)學碩士專業(yè)學位工作,，2004年開始口腔醫(yī)學碩士專業(yè)學位工作,，2009年開始公共衛(wèi)生碩士專業(yè)學位工作，2010年獲臨床醫(yī)學一級學科博士學位授權(quán),，2014年獲應用心理學,、藥學和護理學專業(yè)學位點授權(quán)，2018年獲基礎醫(yī)學和藥學一級學科博士學位授權(quán),、臨床醫(yī)學博士專業(yè)學位授權(quán),、醫(yī)學技術(shù)一級學科碩士學位授權(quán)，2021年獲公共衛(wèi)生和口腔醫(yī)學一級學科博士學位授權(quán),、口腔醫(yī)學博士專業(yè)學位授權(quán),。目前，我校有5個一級學科博士學位授權(quán)點（基礎醫(yī)學,、臨床醫(yī)學,、口腔醫(yī)學、公共衛(wèi)生與預防醫(yī)學,、藥學）,，8個一級學科碩士學位授權(quán)點（生物學、基礎醫(yī)學,、臨床醫(yī)學,、口腔醫(yī)學、公共衛(wèi)生與預防醫(yī)學,、藥學,、護理學、醫(yī)學技術(shù)）,，2個博士專業(yè)學位授權(quán)點（臨床醫(yī)學,、口腔醫(yī)學），6個碩士專業(yè)學位授權(quán)點（應用心理,、臨床醫(yī)學,、口腔醫(yī)學、公共衛(wèi)生,、護理,、藥學），涵蓋理學,、醫(yī)學,、管理學等學科門類,。我校同時還還開展同等學力申請碩士學位工作。目前學校擁有省級研究生教育創(chuàng)新聯(lián)合培養(yǎng)基地3個,，省級專業(yè)學位研究生聯(lián)合培養(yǎng)基地2個,，二級研究生培養(yǎng)單位30個，有碩士研究生導師1141名,，博士研究生導師276名,，在校研究生4000余人。培養(yǎng)的萬余名高級醫(yī)學人才扎根邊疆,，服務基層,，為云南醫(yī)藥衛(wèi)生事業(yè)和經(jīng)濟社會發(fā)展做出了卓越貢獻。

學校不斷深化學術(shù)學位和專業(yè)學位研究生培養(yǎng)模式改革,。科教融合,，大力提升學術(shù)學位知識創(chuàng)新能力；醫(yī)教融合著力培養(yǎng)專業(yè)學位研究生創(chuàng)實踐創(chuàng)新能力,。逐步推進臨床醫(yī)學博士專業(yè)學位研究生培養(yǎng)與?？漆t(yī)師培訓銜接。全面實現(xiàn)臨床（口腔）醫(yī)學碩士專業(yè)學位研究生培養(yǎng)與住院醫(yī)師規(guī)范化培訓接軌,。以培養(yǎng)目標和學位學位授予要求作為學校課程建設規(guī)劃的根本依據(jù),，增加跨學科類、方法類,、研討類,、實踐類課程。以一級學科學位授權(quán)點為單元開發(fā)公共課程,，以研究方向及領域開發(fā)專業(yè)課程,。加強信息技術(shù)手段在課程建設中的運用，構(gòu)建線上線下共建的運行模式,。與上海交通大學醫(yī)學院,、中國醫(yī)學科學院阜外醫(yī)院等高水平院校建立了聯(lián)合培養(yǎng)機制。舉辦系列實踐和科研技能大賽,，榮獲首屆全國影像醫(yī)學專業(yè)研究生臨床能力展示賽一等獎,、多次在全國醫(yī)科院校研究生院聯(lián)盟研究生論壇、西部地區(qū)藥學研究生創(chuàng)新學術(shù)論壇上獲得佳績,。