昆明醫(yī)科大學(xué)馬克思主義學(xué)院的前身為成立于20世紀(jì)50年代的政治課教研組,。20世紀(jì)80年代，為了加強學(xué)校社會科學(xué)建設(shè),，更名為社會科學(xué)部,。2001年，學(xué)校依托社科部舉辦社會保障專業(yè),。2005年,，學(xué)校成立人文學(xué)院，人文學(xué)院與社科部合署,，在黨務(wù)和行政上統(tǒng)一領(lǐng)導(dǎo)和管理,，負(fù)責(zé)思想政治類公共課程和社會保障、市場營銷,、社會工作專業(yè)的教學(xué)組織管理,。

為了加強思想政治理論課、醫(yī)學(xué)人文教育和醫(yī)學(xué)相關(guān)類社會科學(xué)專業(yè)建設(shè),，2017年6月,，學(xué)校對社科部和人文學(xué)院進行重組設(shè)置改革，制定下發(fā)了《昆明醫(yī)科大學(xué)馬克思主義學(xué)院,、人文與管理學(xué)院,、醫(yī)學(xué)人文教育與研究中心組建方案》，馬克思主義學(xué)院獨立設(shè)置,。

昆明醫(yī)科大學(xué)馬克思主義學(xué)院是直屬學(xué)校的二級學(xué)院,，負(fù)責(zé)全校學(xué)生思想政治理論課和馬克思主義理論學(xué)科的建設(shè)管理。設(shè)有習(xí)近平新時代中國特色社會主義思想概論,、馬克思主義基本原理,、毛澤東思想和中國特色社會主義理論概論、中國近現(xiàn)代史綱要,、思想道德修養(yǎng)與法律基礎(chǔ),、形勢與政策五個教研室和研究生思想政治理論課教學(xué)中心，學(xué)?！傲?xí)近平新時代中國特色社會主義思想學(xué)習(xí)研究中心”設(shè)置在學(xué)院,。學(xué)院現(xiàn)有專兼職教師72人,，專職教師60人中，有教授5人,，副教授24人,，講師18人。