昆明醫(yī)科大學(xué)基礎(chǔ)醫(yī)學(xué)院前身為1986年成立的基礎(chǔ)醫(yī)學(xué)部,，2000年更名基礎(chǔ)醫(yī)學(xué)院,，現(xiàn)已成為集教學(xué),、科研,、學(xué)生管理和社會服務(wù)于一體的醫(yī)學(xué)人才培養(yǎng)和科學(xué)研究基地。學(xué)院秉承“精業(yè),、樂教,、博學(xué)、創(chuàng)新”的精神,，堅(jiān)持“人才強(qiáng)院,、教學(xué)立院、學(xué)科興院,、文化弘院、管理活院,、特色辦院”的發(fā)展理念,，躬耕不止，教研不輟,，取得較好成績,。

學(xué)院現(xiàn)有人體解剖學(xué)與組織胚胎學(xué)系、病理學(xué)與病理生理學(xué)系,、病原生物學(xué)與免疫學(xué)系,、生物化學(xué)與分子生物學(xué)系、細(xì)胞生物學(xué)與醫(yī)學(xué)遺傳學(xué)系,、藥理學(xué)系,、生理學(xué)系,、物理數(shù)學(xué)與計(jì)算機(jī)系等8個系（12個教研室）；1個基礎(chǔ)醫(yī)學(xué)實(shí)驗(yàn)教學(xué)中心,；1個昆明醫(yī)科大學(xué)熱帶醫(yī)學(xué)研究所,。內(nèi)設(shè)黨政辦公室、教學(xué)辦公室,、學(xué)科科研及研究生管理辦公室,、團(tuán)委、學(xué)生工作辦公室等機(jī)構(gòu),。

學(xué)院現(xiàn)有教職工232人,，其中正高級職稱25人，副高級職稱86人,；博士生導(dǎo)師26人,，碩士生導(dǎo)師75人，享受國務(wù)院政府特殊津貼專家1人,、全國優(yōu)秀教師1人,、云嶺教學(xué)名師1人、省級優(yōu)秀教育工作者1人,、省級教學(xué)名師4人,、云南省課程思政教學(xué)名師1人、云南省中青年學(xué)術(shù)技術(shù)帶頭人和后備人才7人,、云南省興滇英才青年拔尖人才14人,。

學(xué)院目前無本科專業(yè)。2017—2019年招收了三屆信息管理與信息專業(yè)的本科生,，2017級38人,、2018級32人、2019級20人,。學(xué)院管理臨床醫(yī)學(xué)專業(yè)本科生（一到三年級）及研究生3300余人,。每年承擔(dān)本科生、研究生,、留學(xué)生以及繼續(xù)教育學(xué)院等各級各類課程123門,，其中本科生必修課程57門，開設(shè)本科生選修課40余門,。

學(xué)院堅(jiān)持以教學(xué)為中心,，以人才培養(yǎng)為目標(biāo)，積極開展教育教學(xué)改革,，教學(xué)質(zhì)量不斷提高?，F(xiàn)有國家級一流本科課程7門，省級一流本科課程11門，省級課程思政示范課程4門,，省級研究生優(yōu)質(zhì)示范課程9門,，省級精品課程3門，省級精品視頻公開課2門,，省級雙語示范課程3門,，省級教學(xué)團(tuán)隊(duì)1個，省級實(shí)驗(yàn)教學(xué)示范中心3個,、省級虛擬仿真實(shí)驗(yàn)中心1個,。

學(xué)院堅(jiān)持以學(xué)科建設(shè)為龍頭，高度重視學(xué)科,、學(xué)位點(diǎn)建設(shè)發(fā)展?，F(xiàn)有基礎(chǔ)醫(yī)學(xué)一級學(xué)科博士學(xué)位授權(quán)點(diǎn)1個，生物學(xué)一級學(xué)科碩士學(xué)位授權(quán)點(diǎn)1個,，國家級博士后科研流動站1個,、省級創(chuàng)新團(tuán)隊(duì)2個、省級一流學(xué)科1個,、云南省高校重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室2個,、省級國際合作基地2個。2023年基礎(chǔ)醫(yī)學(xué)一級學(xué)科列入云南省重點(diǎn)支持學(xué)科建設(shè)名單,。